动物基因组学(帝王计划)研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉。她从幼体中孵出,在一群雇佣兵袭击这个机构时,魔斯拉逃了出去。然后她在一个瀑布包了茧,随后破茧而出,完成了全形态生长。在2014年,哥斯拉被整个世界看到后,“帝王组织”在水下建了一个基地,在这个位于水下好几英里的水中基地中,他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物。那是他们真正的研究核心。
长期沉睡于地底和冰川里面神秘的巨兽在星球上面已经有上万,甚至好几万年的历史,它要把这个星球重新夺回它自己的手下。为了大自然的生态平衡,哥斯拉苏醒了,它去消灭那些未来可能会去损害大自然平衡的生物。后来,哥斯拉和魔斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。此前一直被认为只存在于神话当中的古老的超级怪兽一一登场,他们将为争夺“怪兽之王”而战,人类的生存也受到严重威胁……。故事发生在1980年的澳大利亚,迈克尔(山姆·尼尔 Sam Neill 饰)和妻子林迪(梅丽尔·斯特里普 Meryl Streep 饰)带着他们的三个孩子正在进行一场家庭旅行。某天夜里,夫妻两人将最小的孩子阿扎利亚留在襁褓之中外出访友,哪知道一场意外的发生夺走了阿扎利亚幼小的生命。
让迈克尔和林迪万万没有想到的是,他们除了要承受失去孩子的巨大悲痛之外,竟然还遭到了指控,指控夫妻两人正是幕后的凶手。随后,法庭开始了对于该案件的漫长的审判,尽管缺乏关键的证据,但林迪还是被判处了终身监禁。在狱中,林迪生下了第四个孩子,孩子被交由迈克尔抚养。漫长的牢狱岁月里,林迪不断的上诉,并最终为自己挣得了清白和自由。。