突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。1949年初,国民党政府预感自己的政权行将垮台,制订了AM计划:处决监狱中的“政治犯”,转移银行库银,潜伏大批特务,拉拢太湖地区的土匪、组建反共武装,部署江南撤退前的一系列准备工作。针对国民党反动派的AM计划,中国人民解放军“三野”司令部制订了“曙光行动”,派出了以师侦察科女科长关竹青为首的南下武装小分队,渡江潜入江南古城,在太湖游击队和地下党组织的配合下,以惊人的智慧和大无畏的精神,与敌人进行了惊心动魄的斗争,粉碎了敌人一个又一个的阴谋,从监狱中营救出了一批共产党员和爱国民主人士,保护了银行库银。在古城解放后,又配合解放军和公安部队歼灭了盘踞在太湖地区的蒋介石国民党武装部队残余、特务和土匪6900多人,活捉了臭名昭著、作恶多端的土匪司令胡传奎,彻底粉碎了敌人的AM计划。。