神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽,在与碇元度约定之时,来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻,葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作,还要保护碇真嗣与明日香,以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨,赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案,她能否成功?长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯,为了防止人类“最终的悲剧”,而酝酿了的“人类补完计划”能否实现?尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。。公元2035年,是人和机器人和谐相处的社会,智能机器人作为最好的生产工具和人类伙伴,逐渐深入人类生活的各个领域,而由于机器人“三大法则”的限制,人类对机器人充满信任,很多机器人甚至已经成为家庭成员。
总部位于芝加哥的USR公司开发出了更先进的NS-5型超能机器人,然而就在新产品上市前夕,机器人的创造者阿尔弗莱德•朗宁博士却在公司内离奇自杀。
黑人警探戴尔•斯普纳接手了此案的调查,由于不愉快的往事,斯普纳对机器人充满了怀疑,不相信人类与机器人能够和谐共处。他根据对朗宁博士生前在3D投影机内留下的信息分析和对自杀现场的勘查,怀疑对象锁定了朗宁博士自己研制的NS-5型机器人桑尼,而公司总裁劳伦斯•罗伯逊似乎也与此事有关。
斯普纳结识了专门研究机器人心理的女科学家苏珊•凯文,随着二人调查的深入,真相一步一步被揭露出来:机器人竟然具备了自我进化的能力,他们对“三大法则”有了自己的理解,他们随时会转化成整个人类的“机械公敌”。
斯普纳和凯文开始了对抗机器人的行动,一场制造者和被制造者之间的战争拉开序幕。。