劫造荒宇末路,悲嘆蒼生無語。神州雙柱沉葬,卸骨血問天罪。萬血邪籙開啟,導致神州支柱的存亡成為眾矢之的;明聖天書、俠道追溯、魔寶大典,關係著另外三根神柱的關鍵位置;瞬間,魔界大軍、中原正道、識界人馬三方勢力為了三本天書展開了一場激烈的爭奪戰。魔界之主銀鍠朱武,在第一根神柱摧毀之後,了解到神州的破壞非同小可。魔界之神棄天帝不僅具有毀天滅地之能,更以毀滅世界為最終目的,而在這當中自己只是顆被利用的棋子。銀鍠朱武毅然決定親自阻止棄天帝的腳步,與赭杉軍等眾人聯手捍衛神州。紅樓劍閣再現,引動劍界頂峰之爭。劍聖柳生劍影、任劍誰、不二做、西門寒照等劍界翹楚,紛紛參與這場鋒海盛會。殊不知神秘的劍閣中竟然暗藏著恐怖陰謀,無數劍客枉死於劍閣的殘酷門規。藉著東宮神璽的協助,劍聖成功的打敗了劍閣之主曌雲裳。但卻也讓曌雲裳陷入瘋狂狀態,最終竟為棄天帝所利用,砍斷第二根神柱。此一來不僅造成神州二度災害,並因而幫助棄天帝打破空間束縛,使得末日之神再度降臨大地。中原群俠面臨有史以來最大威脅,究竟神州的存續將寄於何人。风和日丽的一天,铃木财团斥巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南和好朋友们受邀前来参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡,江户川柯南锁定凶手果断展开追击,然而对方非常胆大,公然炸毁拦截他的警车,在重重包围中脱身而去。
在此之后,FBI和日本警方组成联合调查总部,经茱蒂介绍得知,嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章,但是后来被战友指控违反交战原则,射杀了手无寸铁的平民,此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛,人生也彻底跌入了低谷。这一次他以神秘狙击手的身份出现,显然是想向那些毁灭了他人生的人们复仇。狙击事件接连而起,全东京陷入了莫大的恐慌之中。。