故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。贾杰侦探是个经过生化实验的半机器人,他全身上下装有1万4千个精巧的机关,办案成绩卓著,一直是城市里最有名的侦探,坏心的克劳博士却要故意陷害贾杰,因此他必须想办法重振自己的声威。G型神探一直以来是蒙特罗市里最出色的警探之一,直到邪恶的克劳博士出现为止……邪恶的克劳博士设计陷害G型神探,让警察误以为他是盗取蒙特罗市立银行数百万元的嫌疑犯,害得他不但被摘下警徽同时还名誉扫地。G型神探一定得将邪恶的克劳博士绳之以法,洗刷自己的冤情,恢复神探的美名。。