阳光明媚的一天,东都体育场正进行一场精彩的足球比赛,江户川柯南、灰原哀、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边,侦探事务所内的名侦探毛利小五郎却接到一通恐怖袭击的电话。这不是游戏或虚张声势,像是在挑衅毛利小五郎一般,路上的汽车在眼前爆炸。阻止犯人犯案的方法只有一个,那就是解读犯人留下的神秘暗号!
经过一番努力,毛利兰终于拜托工藤新一解开了犯人留下的暗语,成功拯救了无数人的生命。在此之后,警方和毛利小五郎一起锁定了数名嫌疑人,嫌疑人是足球选手、俱乐部老板、媒体人,他们都是和足球界有很深关联的人。与此同时,躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击,前所未有的大挑战、争分夺秒的对决、裹挟着无数怨恨的袭击强势袭来!。本片以三岛47年来持续面对的“某个事件”为基础,从自主电影制作开始。故事以北海道洞爷湖的中岛、东京伊豆群岛的八丈岛、大阪的堂岛为背景,围绕着重要角色“丽子”展开心灵的挣扎。以“乘船而去者”、“等待船来者”、“乘船而来者”及“方舟”为主题,描绘了三位心灵受创的角色,三个故事在此交错。当分别在不同“岛屿”上进行的故事因某个共同点交汇时,惊人的事实浮出水面。。