一对从费城到落基山脉度蜜月的夫妇因为吵架,妻子一怒之下开车离去,第二天丈夫到当地警局报案想找回失踪的妻子,就在警察也毫无头绪之际,一个自称他妻子的陌生女人竟出现在他面前。。。。女主角梁婧经常被一些奇异的事件所缠身,于是到了朋友陆蒙的家中,仍未改变身边的怪事。梁婧的亲戚给她介绍了古董商安同,俩人第一次见面便相互吸引,可是有一天安同却莫名的消失了,使得梁婧非常生气。就在好友陆蒙生日的当天,梁婧接到了一个奇怪的电话,使得梁婧离开了陆蒙家。在看出租房子的途中梁婧发生车祸,她满身是血的回到陆蒙的家中,杀死陆蒙并跳楼自杀!。掌控日本国家未来的御前会议上,众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”,神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后,暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫(户田惠梨香 饰)和濑文焚流(加濑亮 饰)负责。调查途中两人接到志村美玲(福田沙纪 饰)的求救电话,赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子(栗山千明 饰)不期而遇。当麻将美玲带回未详系,原本已经死去的阳太/一十一(神木隆之介 饰)竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手,当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下,普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中,当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现,黑暗降临的未来是否终将无法避免?。