二次大战, 日本侵略中国, 在中国哈尔滨设立细菌研究中心, 并抽调在中国各地的日军前往协助, 利用活人作种种残酷及惨无人道的实验, 并准备以实验的成果, 向敌人发动大规模的细菌战。其中天良未泯的日军, 对此深受良心谴责, 但奈于严厉的军纪, 欲抗无从, 只好继续这种丧尽天良暴行。。2131年,地球爆发大规模的世界大战,各大主要城市尽成废墟,人们流离失所。讽刺的是,这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地,以此作为幸存者的理想国。
少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗,危急时刻,她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体,如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子,琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达,而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安,它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密……。