从越南逃出的John(任达华 饰)在哥哥的菲律宾货轮上帮忙,谁知哥哥却从事杀人越货的勾当,赚钱无数却血债累累。某日,货轮前往香港途中,遭遇一群被困海上的越南难民。船员假意搭救他们,却在难民上船后亮出屠刀。John认出当年好友Garry(周景扬 饰),拼死将其救下,Garry则在撞击中失去记忆。
货轮在香港码头受到盘查,身份不明的Garry打伤警察,跳船逃跑,导致货轮被当局扣下。船长一众唯恐Garry吐露杀人越货内幕,派出船员寻找追杀。随后数日,码头接连发生多宗凶杀案。香港警队女督察(杨丽菁 饰)侦查得知与逃跑的Garry有关,立即展开追捕,却在这一过程中发现其中另有隐情……。在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后,地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他...。