来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。。1894年,日清之间爆发了影响深远的甲午战争。借着明治维新后的蓬勃态势,日本击败了羸弱腐朽的清王朝。一纸屈辱的《马关条约》,将宝岛台湾等地割让给日本。政府虽然无能,但是各地爱国民众却不愿受辱,其中台湾便爆发了反割让的斗争。镇守台湾的清军统带陈万机奉旨采取不抵抗政策,而他的弟弟陈清则坚持要保卫台湾死而后已。在马祖会上,陈氏兄弟结识了女扮男装的民间艺人铁虎,并将其父女招入义勇团。几经周折,日军大兵压境,而铁虎却与陈清因故发生嫌隙。官民各自为政,与外敌对抗。
血与恨,情与泪,铸就了一段永远不可磨灭和忘怀的历史……。