为人正直的检查官杜丘(高仓健 饰)被人控告犯有抢劫、强奸罪,自知清白的他为了洗清冤屈,开始了一边躲避警察追捕、一边查找事实真相的逃亡。
途中,杜丘于山中冒险救下牧场主的女儿真由美(中野良子 饰),两人生出真情。在真由美及其父亲的帮助下,历尽艰险的杜丘终于拨开重重迷雾,在一家精神 病院,他找到了诬告自己的横路进二,但对方已神智不清。为了将其中隐情一一揭出,杜丘装病住进这家医院,开始小心翼翼的调查求证,巨大的政治阴谋遂即浮出水面。。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。