谷口(田口智朗饰)和妻子(叶冈伸饰)有个儿子,他们一家过着普通的幸福生活。一天儿子被两个光头仔绑架并杀害。谷口既紧张又愤怒,心中充满了杀意。之后,被绑架的他被送到地下工厂做了人体实验,大批的光头仔在那里生产。
谷口被该组织的统治者(冢本晋也饰)改造成一个可怕的半枪械人——人类人体和枪械重武器的混合体,并最终成为钢铁打造的恐怖机械人。之后一个惊人事实出现,他和统治者竟然是亲兄弟,一场命中注定的对决随之开始。。讲述了两名警察的女儿Jane和Ann之间的爱情与友情的故事。随着Jane即将搬离她成长的警察公寓,许多回忆涌上心头,这些回忆中包括了她与刚搬进公寓的年轻警察Don以及她暗恋的女孩Ann之间的情感纠葛,一些隐藏已久的秘密也随之浮出水面。。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。