新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来, 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员, 与研究所员齐心协力,面对强大的敌人! 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身!SHINKALION!。故事讲述未来世界被恐怖的变异怪兽占领,幸存者被分割成小型部落,艰难地为生存而战。其中一个部落中的几个年轻人逃离了怪兽们的一次围攻,因而发现了外面有更多的人类生存,虽然他们过得其实也挺惨。。