元军攻打日本之际,中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里,他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战,大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。 时间回到战国时代,四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森,唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量,玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森,并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失,被封印上百年的力量开始复活,玛瑙丸变得愈加强大。与此同时,玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴,使犬夜叉一方陷入苦战;另一方面,戈薇的意识被玛瑙丸控制,她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印,之后更被桔梗推入枯井,穿越时空回到了现代……。玛丽·凯瑟琳是一个天真的小姑娘,在分开许久后,她去树林里看望自己的父亲博玛教授。博玛教授是一个研究树林里奇怪微小生物的专家,就住在树林的附近,陪着他的是他的斗牛犬奥兹。博玛教授研究的是一种被当做卫兵来使用的生物,它们守护着自己的家园,并且时时刻刻都在提防着敌人的入侵。
博玛的研究入了迷,他走入了森林之中,设置了录像机,监视着树林中的细小的细节。因为受不了自己父亲如此着迷的研究,凯瑟琳给父亲留了一个便条就准备离去。但是在离开的路上,发生了意外——她被神秘的力量召唤,变成了父亲研究的细小的生物,进入了那个她认为并不存在的世界。这个世界,是一个正义的、绿色的世界,这里面的人在保卫着森林的和谐,对抗着黑暗力量对森林的破坏。
在这个神秘世界里,凯瑟琳见到了会说话的鼻涕虫、保护森林的树叶人、蒲公英仙子、森林女王等等人物。为了这个绿色世界的命运、为了保护人类的生态环境不受破坏,同样也为了自己能回到人类社会中,凯瑟琳顺应着自己的命运,从一个柔弱的女孩慢慢成长成为了一个骁勇善战的女战士。。美国国防部研制秘密武器X-Corp,这是部半人、半机器的实验性武器,利用针状抗生物质的传播媒介进入人的神经系统,进而控制人。但后来武器项目失控,半机器人开始袭击人类,并席卷全球,人类陷入末日境地。一群幸存者小分队肩负起拯救人类的使命……。