当年,白中发(杜汶泽 饰)与皇天霸(李国煌 饰)师从于麻雀至尊儒五常(曾志伟 饰),白中发天性淡泊,学到了儒五常的麻雀精髓,而皇天霸争强好胜,后终与师父、师兄决裂。二十多年后,白中发与女儿四喜开饭馆度日。连续获得十界麻雀王大赛冠军的皇天霸不甘心首届“麻雀王”桂冠被白中发赢得,时时策划在麻将桌上赢下师兄。另一方面,曾经抛弃白中发父女二人的梦娜(叶璇 饰)突然出现,原来梦娜爱慕虚荣,不能忍受夺得麻雀王称号的白中发退隐,遂丢下襁褓中的四喜离去。但梦娜的这次归来并非单纯为了找回丈夫和女儿,其背后有着皇天霸的指使,师兄弟的麻雀对决一触即发……。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。