在未知生命体全部被消灭后的两年,人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹,打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件,这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量,就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。
失去记忆的开朗少年津上翔一,暂住在美杉教授家中,与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的,其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时,他便会受到感应前去消灭它们。
愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年,它们之间有着什么样的联系呢?一切的真相又是什么?。威利•旺卡是一位伟大的巧克力发明人和制造商,经营着全世界最大的巧克力工厂。那是座神秘的工厂,大门紧锁,15年来,从来没有看见有工人从大门进去或出来过,可是却能闻到浓郁的巧克力香味。工厂出产的旺卡牌巧克力销往世界各地,深受孩子们的喜爱。
有一天,威利•旺卡先生贴出告示:他在出产的巧克力里面埋藏了五张金券,谁吃到了,就有机会参观工厂,还能得到足够吃一辈子的巧克力糖和其他糖果。小孩子们疯狂抢购,最终五个小客人成为幸运儿。
其中有一个小客人叫查理,家庭非常贫寒,在经历两次失败后,他发现了最后一张金券,巧克力工厂的大门因此为他打开。
五个孩子开始在这个魔幻工厂中冒险,吸引他们的除了神奇壮观的巧克力制造世界之外,还有威利•旺卡的“神秘礼物”……。