人と共に八百万の神々が生きる神話の世界「天和国(アマワクニ)」。そこで劍神(ハヤガミ)を操る十二神鞘が起こした革命に巻き込まれたアラタは、秘女王殺しの罪を着せられ、逃げこんだ森で異世界(現代)へと飲み込まれる… 一方、現代の高校生・日ノ原革は友達に裏切られ、絶望の中、異世界へと迷い込む。そこで革は“アラタ”としての運命を譲り受け、劍神「創世(ツクヨ)」の後継者となる。 秘女王が絶命寸前となったために劍神の封印が解けた今、劍神の持ち主である鞘たちは、自らが大王(オオキミ)となるために闘いを繰り広げる。さらには十二神鞘の中でも謎とされる「六ノ鞘」が、秘女王の復活を阻止しようと動き出す。そんな中、鞘たちの闘いに巻き込まれて命を落とす人々を救うため、そして秘女王を救うため、革は「日輪ノ大王」となることを決意。「創世」の力で全ての劍神を束ね、闘いを終わらせる...。ある朝突然暴漢に襲われた座頭市は、一人を斬り殺し、もう一人の腕を斬り落した。こんな血なまぐさい旅に嫌気のさした座頭市は、昔、あんまの手ほどきをうけた彦の市師匠と、その娘お小夜を麻生の宿に訪ねた。だが、彦の市は殺され、お小夜は宿場の親分錣山の辰五郎のために、今は名も錦木と変え女郎に身を沈めていた。驚いた座頭市は、お小夜のいる丁字楼を訪ねた。しかしお小夜は辰五郎の息のかかった郡代役所の磯田幸右衛門のいうままにならず激しい折檻の末土蔵に閉じ込められていた。土蔵に忍びこんだ座頭市はお小夜から事件のあらましを聞いた。--彦の市は、あんまの最高位である検校位をもらうため、三百両の金を持って京都へ旅立った。が、途中何者かに殺され金をうばわれた。さらに辰五郎は親切ごかしに貸した百両をたてにとり、お小夜を丁字楼の女郎にしてしまったのだ--その夜座頭市は井戸尻軍十郎と名...。