故事发生在东京大田区,在羽田机场附近的小镇里,有一间名叫九十九堂的旧书店,书店里常常能够找到在市场中失传已久的旧漫画,因此有着非常广泛的顾客群。九十九樱(真矢美纪饰)是书店的主人,在书店里,还有着另一方秘密的天地——一间被唤作休息室的房间,在那里,常常聚集着无处可去的人们。 对于这些人,樱子从来不会问他们的来路,也不会对他们的过去过多的打听,她只是为他们免费的提供着一碗碗美味的亲子饭,填饱他们饥肠辘辘的口腹。在感受到温暖之后,这些人们会对樱子坦露心声,而樱子亦不会对他们的故事多加评判。。经过与一十一(神木隆之介 饰)的恶战,濑文焚流(加濑亮 饰)身受重伤,命几不保。在此期间,青池里子(栗山千明 饰)随女儿小润(森山树 饰)悄然离开医院;而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上,自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人,他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下,濑文急急出院,和当麻纱绫(户田惠梨香 饰)一同调查青池母女的行踪。而野野村组长(龙雷太 饰)则独自行动,查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场,残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭,惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……
本片为SPEC系列完结篇的前篇。。