1962年10月14日,一则由飞临古巴上空U-2侦察机所拍摄照片中透露的情报信息,引发了一场当时世界两大超级大国美国与苏联之间的空前危机。美国情报官员在这组情报资料中发现,苏联正在距离佛罗里达不到150公里的古巴首都哈瓦那西南的圣克利斯托瓦尔修建基地,部署中短程导弹和运载核武器的伊尔-28重型轰炸机,这些导弹足以摧毁全美各大城市并且造成重大伤亡。全美上下陷入极度恐慌之中,也将整个世界推向了核灾难的边缘。总统约翰·肯尼迪(布鲁斯·格林伍德 Bruce Greenwood 饰)和其弟罗伯特·肯尼迪(斯蒂文·卡普Steven Culp 饰)沉着应对这场一触即发的核战危机,影片透过白宫高级特别助理肯尼斯·奥唐纳(凯文·科斯特纳 Kevin Costner 饰)之眼,再现了危机重重的惊天十三日。。一颗外太空陨石撕裂长空砸落在印度尼西亚附近的一座孤岛上,此岛有个名字叫“幽灵岛”,而降落地附近随着气浪冲击散去以后,一个不起眼的地方显露出来几颗巨型蛋化石,随着时间的推移,陨石释放的放射性元素影响着岛内的动植物。零零散散矗立着的化石蛋壳表面一片沉寂,不仔细观察不会发现上面有一条细微的裂痕出现,东南亚某大学教授杜峥为了寻找幽灵岛,雇佣雷子探险团队以及逼迫动植物学家雪莉·赵,一同踏上了去往幽灵岛的路途,然而等待他们的将是未知的危险。。