公元2195年,谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现,并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时,民间企业ネルガル重工NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。即使是对着木星蜥蜴的兵器,装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势,包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮,使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上,由于采取了“能力一流,不问性格”的选拔方针,结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。火星出生的主角天河明人,在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人,一直跟在她的后面,并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师,但却发生了一些意外,使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗……本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历,他们一方面和木星蜥蜴作战,另一方面又要在地球政府吞……。故事开始于怀俄明州的乡间,主人公怀厄尔普就出生在那里。为了参加南北战争报效祖国,怀厄尔普离家出走英勇的赶往前线,却因为年龄的问题而被拒绝入伍。之后,怀厄尔普开始攻读法律,并且邂逅了名为乌瑞拉的女子。两人双双坠入爱河之后很快便携手步入了婚礼的殿堂.
然而,幸福美满的日子却并没有维系太长的时间,一场大病夺走了乌瑞拉的生命,令怀厄尔普陷入了绝望和自暴自弃之中。就在他濒临崩溃之时,父亲尼古拉斯来到了他身旁,将怀厄尔普重新引回了正途。。