草薙素子之后,巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件,由于受害者家属均无公诉,且死者中有政客与公安官员,于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型,应部分顾客要求,该机型同时具备异性玩伴的功能,巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手,卷入与黑帮的战斗,期间有人入侵他的大脑,使其自残。
巴特决定直奔荒凉地带总部,他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆,后者布下系统陷阱,幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索,巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船,素子再次降临他的身边,与其并肩作战。。在极端少子化的近未来,有一间以保护为数不多的孩童为名,强迫所有学生住校的学园。某一天,校内发生了一位名叫小野的女学生莫名失踪,校方却草率断定女学生已死的事件。小野的好朋友.冬村四织对此感到疑惑,便决定自行展开调查。但她做的第一件事却是找同班同学.三田一重的麻烦。只因她知道三田一重其实就是传说中的圣诞老人!。故事发生在《侏罗纪世界3》事件的五年后。危在旦夕的恐龙族群生存于孤岛之上,但是它们中却隐藏着能够带来人类医药奇迹的关键基因,为获取神秘基因,一支精英小队潜入恐龙禁地,然而等待他们的却是无法预知的危机和惊天阴谋……。