「光明之心」的故事始于某一天,一位神秘少女辉夜在温达利亚岛的海岸上被男主角里克发现,其后更发现她的记忆和感情均已失去,而通过与岛上居民进行心灵交流,辉夜也一点点地取回了感情。与此同时,本身和平的温达利亚岛却引来了大量的海贼,原来这些海贼的目的都是想拿走辉夜颈上戴着的灵石。为了帮辉夜取回她的记忆和感情,同时也为了再次恢复温达利亚的和平,同样因为某种原因漂流到了温达利亚,并在岛上的魔法面包屋工作和生活着的里克,决定与一同在面包屋工作的三位女主角蕾丽丝、艾亚丽及亚米露一同展开冒险之旅。。初中三年一直在一起的四个人,进入高中之后彼此之间都有了距离。影片讲述了初三那年同学间的打打闹闹、师生间的友爱冲突、教室里的一本正经、体操场上的朝气蓬勃,勾勒出初中回忆的画面。。