2002年冬天,横浜大桥突然被战斗机炸毁,媒体虽然报导此为自卫队战机所为,但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤(大林隆介 配音)队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年,日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云(榊原良子 配音)原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰,处于戒严状态的东京面临着大骚乱,人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下,后藤(大林隆介 配音)和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉(富永美伊奈 配音)、篠原(古川登志夫 配音)等特车二课原来的成员们,启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……
本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。。异时空交错,能量魔方遗落地球。正邪较量,得之可得世界。警署和暗瞳同时派出高手,却在降落地球那一刹那能量尽失。他们用尽浑身解数争夺能量魔方,一方为了维护时空稳定,一方为了统治宇宙。他们暗中较量之时,事件的核心却直指一颗小小“豆芽菜”,能量魔方在他的手里,他才是能够开启未来之门的人。再小的身躯也能为了保护地球肩担重任。他的个子很小,可是却有很大的能量。这种能量不仅仅来自于他手上的能量魔方,更多的是他自己身上的坚强和一路的成长。豆芽菜的小眼镜框还在,终有一天他能和罗伯特长得一样高。可是这一次,他的心里已经埋下了正义的种子,他身上的能量会陪伴他好好的长大。。自从妻子去世后,武士野见勘十郎(野见隆明 饰)似乎就变得意志消沉,他拒绝奔赴战场,情愿抛弃武士的尊严。为此,野见成了没有有鞘无刀的武士,他带着女儿(熊田圣亚 饰)四处流浪,遭领主(国村隼 饰)通缉和杀手的追杀。在此期间,连女儿都对他百般奚落。野见最终落网,领主责令他在三十天内逗因母亲去世而深陷悲伤无法自拔的幼主展露笑容,否则就要切腹自杀。在接下来的三十天内,两名看守(板尾创路 & 柄本时生 饰)构思了各种各样离奇的鬼点子,可是幼主的脸上始终愁云密布。
最后的期限越来越近,野见命悬一线……。