柯南、灰原、步美、光彦、元太随博士露营回来,他们绕道去参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼,毛利小五郎恰巧也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀,携小兰、园子参加开幕典礼。参观期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害,目暮警官着手调查,发现他与美绪似有不同寻常关系,不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片,两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织,并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时,他找到灰原举动异常的原因,却发现她正被人追踪。开幕酒会上,美绪作画时被杀,死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图,她的身下也有一个小酒杯,不过却是完好的。地上一颗原本戴在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接着,A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻,柯南注意到正有一支枪瞄准园子,心中给出了所有疑问的答案,但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。。虽然有像亲兄弟一样的脱北者朋友,但为了隐藏自己同性恋身份而感到孤独的脱北青年哲俊,平生第一次鼓起勇气踏入韩国同性恋社区。在酒吧认识的邻里朋友英俊的帮助下,哲俊很快融入了同志圈,但却因一个微小的误会导致人际关系网开始出现裂痕,让哲俊倾注了全部心血的社区陷入了动荡…。查小刀智商极高,但性格软弱怕事,莫非里不过是一介混混,但个性嚣张跋扈,一场车祸让两人相遇,莫非里毫无意外的狠狠在查小刀的身上诈了一笔。亲情淡漠,工作受挫,又遭恶人欺压,查小刀心灰意冷,无意之中得知了有一位名为折耳根的神医专治各种疑难杂症,于是便起了向他寻求良方的念头。
让查小刀没有想到的是,莫非里居然也是折耳根的病人,常年的失眠困扰着他令他痛不欲生。折耳根告诉两人,他们其实正是彼此的“良药”,为了“治病”,查小刀和莫非里结为搭档共同进退,惹出了无数的麻烦和笑话,与此同时,亦结下了深厚的感情。。