当又一次和伏地魔的意识连通,哈利·波特断定最后一件魂器藏在霍格沃茨,于是和罗恩、赫敏一同返回阴云密布的学校。在好友们的帮助下,他们成功驱逐了斯内普,然而觉察到哈利目的的伏地魔则率领徒众向霍格沃茨逼近。食死徒、摄魂怪、巨人疯狂涌入这所有着悠久历史的魔法学校,正邪决战旋即爆发,一时间血雨腥风,死伤无数。从斯内普的眼泪中,哈利不仅了解到父辈的故事,也证实了藏于他体内最后的秘密。在此之后,他也和伏地魔迎来了最后的对决……。在未知生命体全部被消灭后的两年,人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹,打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件,这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量,就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。
失去记忆的开朗少年津上翔一,暂住在美杉教授家中,与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的,其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时,他便会受到感应前去消灭它们。
愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年,它们之间有着什么样的联系呢?一切的真相又是什么?。