畅销科幻作家HG Wells发明了一种时间机器,他随后将这个奇妙的装置展示给自己的朋友,浑然不知这些人当中有一个Leslie John Stevenson就是臭名昭著的连环杀手开膛手杰克。当伦敦警察厅的侦探发现Stevenson的踪迹之后,这个杀手决定利用时间机器逃往未来-来到1979年的纽约。Wells很快尾随而至,发誓要将他绳之以法。。创圣纪0011年的地球,由于11年前的大异变,人类丧失了2/3的人口。 南极冰山溶化,1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世,拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市,捕获人类,摄取生体能源「Purana」。 另一方面,人类决心反击,从海底遗迹发掘岀三台组合(hybrid)战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前,将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体,「机械天使Aquarion」即将现身。 要启动Aquarion,需要能与机体的机械生命感应和共鸣,称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂,因此十五岁左右的少年少女们被选为机师,集中起来。 而后,「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…。