故事发生在第二次世界大战期间,人们亲临了在广岛和长歧上空的蘑菇云之后,科学与应用科学的碰撞带来的灾难性对于我们世界的持续安全性来说,是显而易见的。美国几乎在核竞争中失败。世界不会再冒险召唤一次死亡的蘑菇云。在阿尔伯特·爱因斯坦和一些值得信任的顾问的帮助下,亨利·S·杜鲁门总统授权在偏远的大西洋西北进行一个住宅区发展计划。这是一个保护并且照料美国最有价值的脑力资源的地方。在那儿,我们国家最伟大的思想家,超级天才们致力于创造科学成就的新纪元,而他们的生活和工作会得到非常好的支持氛围。最好的建筑师和规划师们被委任为这些天才们设计一个受欢迎的地方定居。这个地方能为他们的孩子提供最好的教育,最好的医疗服务,最好的生活福利设施以及生活质量。这个社区的建设堪与美国最优美的田园风光小镇相媲美。只是它们之间有个重要的区别:这个小镇不会出现在任何地图上。至少无一不是被...。时光飞逝,当年的小飞侠彼得·潘(Robin Williams 罗宾·威廉姆斯 饰)已长大成人,成为一名出色能干的律师。他与儿时的女伴温蒂(玛吉·史密斯 Maggie Smith 饰)的孙女结婚,并育有两个可爱的孩子。一家人在现实世界中幸福温馨,其乐融融。此时的彼得已忘记了自己小飞侠的身份,以及曾在梦幻岛上那惊险和快乐的时光。
在带着妻儿探望祖母的路上,邪恶的铁钩船长(Dustin Hoffman 达斯汀•霍夫曼 饰)竟然再次出现,并虏去了他们的孩子。焦急的彼得手足无措,为了拯救孩子,他必须尽快找回小飞侠的身份,回到梦幻岛与宿敌决一雌雄……。