20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。故事根据乔治·马丁的短片小说改编,讲述一位想要获得变换身形能力的皇后做出大胆尝试,雇佣了一个拥有强大力量,并且令人恐惧的女人格雷·阿里斯。阿里斯和她的向导流浪汉博伊斯被送到了失落之地,在这里他们需要用智慧战胜人类和恶魔,并且他们需要探究善与恶、罪过与成就、爱与失去的本质。。