21世纪初,一场瘟疫夺去了99%的人类生命,幸存者们依靠科学家古德查德的发明,建造孤城布瑞拉格维系文明。时间过去四百年后,部分市民不满古德查德政权独裁统治与持续发生的失踪案,组建武装力量魔力党(Monicans)对抗。
女战士伊恩是魔力党中实力顶尖的人物,在完成破坏古德查德监控系统的任务中,伊恩目睹了被对方杀害的亲妹遗体,伊恩在怒火添胸时得到了刺杀古德查德首脑特雷弗的指令,但当她与特雷弗面对面时,对方呼唤“凯瑟琳”这个名字让她陷入混乱的记忆无法行动。伊恩脱身后着手调查这座城市的真相,发现一直以来的失踪案与克隆计划息息相关,而布瑞拉格运行的基础便是复制人类。伊恩的发现很快引起连锁反应,将各方势力卷入其中……。曾几何时,神秘生物奇居子入侵太阳系,致使人类流离失所,只能乘坐行星般大小的巨型飞船希德尼娅流浪在茫茫宇宙中。如是过了漫长的一千年,而今希德尼娅的居民们已有一百年未曾遭遇奇居子,不过他们从未放松警惕,培养了一代又一代操纵人形兵器“卫人”的驾驶员。某天,居住在地下的青年谷风长道(逢坂良太 配音)迫于饥饿爬到地面,偷米后被人抓住,后在舰长(大原沙耶香 配音)的授意下成为卫人驾驶员第628期的训练生,在这里他见到了有过一面之缘的善良女孩星白闲(洲崎绫 配音)、友好的第三性人科户濑伊扎那(丰崎爱生 配音)以及高傲刚愎的岐神海苔夫(樱井孝宏 配音)等人。未几,少年们外出执行采集任务,甚至却遭逢百年不见的奇居子。沉寂已久的宇宙战争再度拉开帷幕……
本片根据贰瓶勉的漫画原作改编。。