在上一集中,爱丽丝救出了被冷冻的同伴们,众人在离开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀绝。T病毒使红皇后的程序发生了错误,变得残暴嗜血的她想要杀死最后的人类毁灭地球。唯一能够阻止红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻,失去了能力的爱丽丝却被保护伞公司囚禁在位于海底的秘密基地中。威斯克通过病毒侵入了保护伞公司的系统,他放走了爱丽丝并告诉她,她是人类最后的希望,而为了拯救人类,他们必须冰释前嫌共同抵抗更强大的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前员工艾达·王,两人一路上奋勇杀敌结下了深厚的友谊。同时,爱丽丝旧日的战友们也组成了一个小分队,从外向内进行突围。
保护伞公司在海底建造了逼真的模拟城市,并使用克隆人作为T病毒的实验对象,为了抵达出口,爱丽丝一行人必须穿越东京、纽约、华盛顿和莫斯科四座城市,而每座城市中都有丧尸们在蠢蠢欲动。。年届三十的女子望月珠惠(西田エリ 饰)在生活中似乎体味不到丝毫的快乐,她无心寻找男友,与母亲相依为命而母女的关系却分外紧张。这一日,珠惠作为队长带领一支只允许女生出席的队伍来到了一座传说有天狗出没的深山露营。据说当年有个男人杀害了他的母亲,他落荒而逃,最后在山里变成了天狗。队伍中那个有些人生的女孩沼口真奈(小林歌穗 饰)是珠惠同事的女儿,她和好友安西诗织(安保彩世 饰)结伴而行。小小年纪的真奈无比叛逆,或者正因为心中隐藏着无法轻易为人道的秘密才让她如此焦灼。
深夜行军,原本就心事重重的女孩们,前方突然出现一个男人的黑影,这让她们变的慌乱起来……。在不远的将来,人类经历了一场变革式的战争和灾难,之后的幸存者们由独裁政府和被称为元首的独裁者控制。人们无时无刻不生活在监视和控制之中。秃鹰是国家的杀手,负责刺杀对政府不利的敌人。在一次刺杀行动中,被刺杀者的一番话,让他开始思考自己的敌人到底是谁。。