ガミラスの侵略を退けてから1年後の西暦2201年、白色彗星帝国が宇宙の各惑星にその侵略の手を伸ばしていた。 地球は復興をほぼ終え、都市は活気づき平和に満ちていた。古代進も護衛艦艦長として輸送補給船団に同行していたが、偶然、発信源不明のメッセージを受信する。そのメッセージは、救いを求めるような女性の声であった。かつてのヤマト乗組員たちは、危機の正体を突き止めるためにヤマトを発進させる。 テレザート星に到着した古代たちは、メッセージの発信者であったテレサを救出する。テレサは、白色彗星帝国が宇宙の星々を次々と侵略しており、次に狙っているのが地球であることを告げる。 白色彗星帝国は地球に迫り、最新鋭戦艦アンドロメダを旗艦とした地球艦隊を全滅させる。ヤマトは白色彗星の渦の中心核に波動砲を打ち込む。彗星は火の玉となって炎上するが、その中から巨大な要塞、都市帝国が...。拥有不死之身的死侍韦德·威尔森继续在惩恶扬善、毒舌嘴贱的路上绝命狂奔,与此同时他和女友瓦内莎的爱情逐渐升华,两人全新期待新生命的到来。谁知命运难测,因瓦内莎意外身亡,韦德万念俱灰,绝望地渴求生命的终结。在他最失落的时候,钢力士和少年弹头等将他领走,成为X战警中的一员。在某次行动中,死侍因袒护暴走的14岁变种人拉塞尔而随同对方被关入冰盒监狱。没过多久,来自未来的电索闯入监狱,意图杀死在未来引起无数灾难的拉塞尔。为了阻止电索,逃离监狱的死侍找到一群战友与之对抗,而拉塞尔则朝着黑暗渐渐远去……。