故事以Franklin和Irene York这对爱人为中心,他们多年前发现了一个掩埋在自家后院下的舱体/密室,通过它可以去往一个陌生荒芜的星球。从此他们便小心守护着这个秘密,但当一个神秘的年轻男子进入他们的生活后,York一家平静的生活迅速被搅乱了,而他们自以为十分了解的神秘舱体/密室,比想象中要复杂得多。。当年在努布拉岛营建侏罗纪公园时,约翰.哈蒙德曾把附近的索纳岛作为恐龙的制造工场。侏罗纪公园沦陷后,索纳岛上的恐龙在完全隔绝且缺少必要合成元素的情况下生存了4年时间。哈蒙德对此颇感好奇,他重新找到马科姆博士,邀请他前往小岛考察。4年前经历让马科姆心有余悸,他断然拒绝哈蒙德的提议,但当得知女友莎拉已前往小岛之时,只得跟随探险队整装出发。
在索纳岛上,另一组野蛮的探险队已经先期到达,他们抓捕恐龙将其买到外国。利欲熏心使得这些贪婪之徒全然不顾危险,竟然打起暴龙的主意。索纳岛旋即变成恐怖的屠杀地狱……。杰迪学院的一次例行野外考察演变成了一场喧闹的卡通冒险,尽在《乐高星球大战:帕达瓦的威胁》。尤达大师担任导游,C-3PO和R2-D2带领一群孩子参观参议院议事厅。一个名叫伊恩德孩子从孤儿院逃出,偷偷加入了他们的队伍。这时,参议院大楼里的秘密作战计划被盗,有泄露给帕尔帕廷的危险。参观过程中,伊恩制造麻烦,导致C-3PO、R2-D2和其他的孩子飞入太空。邪恶的赛斯已经蠢蠢欲动,保护年轻人的担子落在了尤达大师和机器人的身上。。