剧情讲述了在深夜,红色紧急电话响起,市公安局被告之,在上海发现了正在追查的临海市九洲机械厂厂长张东海的尸体。负责人林笑海副局长顿感事态严重,张东海的死将意味着一个拥有上万人的临海市九洲机械厂陷入瘫痪,更可怕的是,全厂的资金不知去向,还拖欠了工人半年的工资,人心浮躁,社会矛盾一触即发。。20多年前,从京城探亲回乡的沈老爷路遇劫匪,年幼的双胞胎儿子不幸被抢走一个,成为他最大的心结。20年后,在他70大寿的这一天,有一个悲惨的噩耗即将传来。在参拜母亲坟墓的回程途中,真嗣(绪方惠美 配音)和葛城美里(三石琴乃 配音)遭遇了第七使徒的攻击,关键时刻2号机势如破竹挫败对手,真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(宫村优子 配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美 配音)不同,明日香自信张扬,甚至有些自大,在和真嗣相处的日子里,彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机,抵抗了第八使徒猛烈的攻击,在这一过程中,淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后,第九、十使徒相继降临,真嗣他们面临着生与死的残酷考验……。