混沌初开,世界分成东西二星,隔空向往,在龙之御使的守护下发展出迥异的文明。正值战国乱世的东之星,尾张傻瓜织田信长(宫野真守 配音)和属下明智光秀(樱井孝宏 配音)、丰臣秀吉(梶裕贵 配音)目睹了武田家强大战铠的惊人威力,内心受到极大触动。与此同时,西之星的美丽少女贞德·辉夜(日笠阳子 配音)因为能够听到天启,而被人们看作是恶魔附体的人。某天她遇见天才发明家列奥纳多·达芬奇(杉田智和 配音),达芬奇偷偷开走竹取号,带着贞德和最新研发的战铠“奥世铠”来到东之星。信长意外启动了西之星人无法操控的奥士铠,他俨然成为了传说中的救星王。他为贞德取名兰丸,这个女子从此成为愚者信长生命中最重要的存在。
战国乱世,东之星和西之星的乱战也即将拉开序幕……。“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A's)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。