这部动画片描述了一个生动的校园故事:立志成为绘本作家的高中生仲上真一郎和被仲上家领养的在同一高中就读的汤浅比吕美、还有父母一起生活。某日、真一郎在学校的后院和爬树后掉下的少女石动乃绘相遇。乃绘由于过去发生的某件事而变得流不出眼泪。真一郎在和她相遇之后,同比吕美、野伏三代吉、安藤爱子之间的关系还有自己自身的想法都产生了很大的动摇。他们为了各自的事而烦恼、摸索自己着必须要做的事、逐渐成长。。4年了,距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。
天人组织消失了,世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府,世界已经统一。但是,这只是表象。表面的政治统一,但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压,镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界,没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归!高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次,天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队,还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋!
《机动战士高达00》系列动画片第2季。。