深夜,若珊上网与母亲嘉文交谈,听见厅中有异声往外察看,却被色狼强拉至出客厅侵犯。若珊挣扎逃回房内向嘉文求救,嘉文目睹色狼背部有蝎子纹身但欲救无门,眼睁睁通过电脑看着若珊被奸。事后在警署若珊一口指证乔子扬是强奸犯,但精液化验结果与子扬不吻合,加上他并没有任何纹身,子扬当然否认一切。警署门外若珊遇上子扬发生纠缠,嘉文苦劝中令若珊感到嘉文是否不信自己,羞怒下跳楼自杀,嘉文见女儿倒在血泊中,后悔没有相信若珊,决定用方法使子扬露出狼相。一天夜里,色狼真的来了,却被子扬打退,嘉文此时以为误会了子扬,遂邀子扬吃饭道谢,本沉醉于浪漫气氛的嘉文突然发现子扬的鞋子沾有若珊的萤光指甲油,遂质问子扬,子扬露出本来面目,欲强奸嘉文,后嘉文取刀刺伤子扬,嘉文感若珊已沉冤得雪。可是,嘉文收到警察电话,事情却是出乎意外……。1992年,一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员,他们要求直接与日本首脑对话,敦促日本尽快消灭哥斯拉,防止重蹈未来亡国的命运。
专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎(丰原功补 饰)在未来写过《哥斯拉诞生》一书,其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载,未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典(佐佐木胜彦 饰)以及国家超科学研究中心成员三枝未希(小高惠美 饰)乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛,试图将哥斯拉传送到别的地方。
寺泽他们的行动取得成功,但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后,可怕的危机遽然降临……。