20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。。近未来,神秘的菲拉病毒肆意蔓延,感染者免疫力下降,经历几个发病阶段后会变得极为疯狂。他们会攻击其他人,而被感染者也很快会转化为丧失人性的攻击者,国际大都会纽约就此沦陷。这一日,前医生劳伦·蔡斯(瑞秋·尼科尔斯 Rachel Nichols 饰)受命前往一个补给站去取回89个菲拉病毒的血样,并寻找幸存者。这次征程凶险非常,稍不留神就会死于非命。小分队刚刚驶出隔离区,就遭到大批感染者的袭击。经过血腥的对抗,他们总算完好无缺冲出重围。
然而这一路险象环生,并且计划发生了变更,谁也不知道自己的命运将会如何……。