盘古开天辟地之时在昆仑山丢下一颗种子,这颗种子吸收天地之精华结出一颗神果。传说得到神果就拥有盘古之力,顿时三界之内的神魔都来争夺,可惜神果让一头法力无边的神兽看管着…
之后一名痴情女子云若嫣为救自己的丈夫闯入昆仑山要夺得神果,云若嫣的痴情感动了天地,她拿到了神果 可惜还是没能救活自己的丈夫。
云若嫣经过昆仑圣母的指点,追寻自己丈夫两生两世,最终把神果献给了自己的爱人,可惜两世后的丈夫心术不正,吃了神果成了妖神,成了三界公敌。
之后,三界之内大乱,当初的神兽幻化成神翁告诉云若嫣,她乃是女娲之后,云若嫣这才明白了一切…
最终云若嫣牺牲自己灭了妖神,三界恢复了平静。。永远的“6时59分”开始了—— 在佑河家有着代代相传的止界术使用止界术,能够进入森罗万象尽数停止的“止界”。某天,主人公树里的外甥和哥哥,被诱拐犯绑架了。她为了救出他们而不得已使用了“止界术”,却遭到不应存在于那里的、除自己以外的“会动的”人类袭击。他们是尊崇止界术的“真纯实爱会”。围绕着使用止界术时所必需的“石头”,止界之谜、佑河家之谜逐渐浮出水面……。昭和38年,明石组系与神和会系两派发动的广岛战争愈演愈烈,期间不断有无辜市民遇害。受舆论和民众的巨大压力,警方动员所有力量,发动名为“顶上作战”的打击黑势力的行动。
广能昌三(菅原文太 饰)为壮大实力,说服中立派义西会会长冈岛友次(小池朝雄 饰)加入明石一派。同时,广能组干部河西清(八名信夫 饰)被刺,双方战争扩大化,袭击事件频发。明石组岩井(梅宫辰夫 饰)出计借河西葬礼之际集结西日本同盟,给山守组突然袭击。然计划被打本(加藤武 饰)泄漏,山守义雄(金子信雄 饰)向警方检举,广能被捕。之后广能组成员遇袭、冈岛被刺等一系列事件使明石一派处于劣势。但很快义西会干部藤田正一(松方弘树 饰)填补空缺,和山守组少壮派武田明(小林旭 饰)展开新一轮对抗。
而警方针对所有黑帮干部的行动也同时开始……。