游城十代在前往决斗学院实技测验的途中,偶遇了传说中的决斗者武藤游戏,并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时,一个名为七星的神秘团体出现了,它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。
游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者,与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一,十代打败大德寺老师,彻底挫败了七星的阴谋,并得到贤者之石的卡片。
三幻魔事件结束后,原来的伙伴们相继离开决斗学院,一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响,无法进行卡牌决斗。之后,游城十代遇到了来自新空间的使者,找回了对决斗的热忱与兴致。
不久后,前往童实野町毕业旅行的十代一行人,被强迫接受斋王美寿知的考验,并得知了“光之波动”的真相。回到决斗学院后,鲛岛校长宣布新世代大赛开幕。这场原本只是让学生和职业决斗者交流,进而提升决斗能力的活动,却意外成了关系到地球存亡的事件。在最后的对决中,十代向斋王挑战,成功打败被“破灭之光”操控的斋王,拯救了世界。。北宋真宗时期,宋辽之间进行了一场旷日持久的战争。时值中秋,辽邦大元帅肖天佐,举兵南侵,在边关之外摆下了一座"天门大阵",要与宋军决一死战,以实现南进中原之野心。三关元帅杨延昭,为戍边破敌,亲率焦、孟二将及其他将士试探"天门阵",不料被辽兵察觉,引起激战。杨延昭力斩辽将,趁势追歼,不料误入迷阵,眼看就有落马被擒之险。此时在峭峰观战的穆桂英飞身杀入阵中,其势锐不可当。肖天佐不支,落荒而逃。穆桂英带领杨延昭夺路而出,化验为夷。杨延昭在急难中巧遇智勇神将,大为惊叹。回营后,杨延昭力荐穆桂英,而代表皇权势力的八贤王却认为穆桂英是山寇之女,其父又是罪臣,不应起用。延昭之子杨宗保,一日奉命巡营来到穆山脚下,为了争一只大雁,被穆桂英"捉"上山寨,二人一见倾心,私定了终身。延昭得知此事非常高兴。但穆家积怨未消,不肯下山扶宋,使他怀若抱冰。在这战不能胜,求救无援、请贤不到的紧急情况下,杨延昭果断地采取了计斩宗保、引贤下山的妙计。穆桂英下山,献出了"破阵方略图"。杨延昭观图后更觉穆桂英不仅武艺超群,而且韬略在胸,认定这才是年轻有为、才华出众、制服辽邦的三关统帅。杨延昭决心将帅印让给穆桂英。八贤王却坚决反对,两人为此相争不下,形成僵局,最后他不得不以"交印"相激才使八贤王让步。穆桂英登上帅位,手捧皇家玉玺,亲率士卒投入收复失地、保卫边关的抗辽战斗中。。