为了调查双胞胎哥哥孙小糊的失踪,孙小涂参加了警队的招新考试,却在考试现场卷入警察局长遇刺事件,幸好有一直以灵魂形态存在的哥哥相助才脱险。而局长遇刺事件也牵扯出以著名脑科医生毕安为首的犯罪集团,他们通过移植承载灵魂的虫体实验,企图控制社会高层,从而掌控城市。这个阴谋被小糊以及女友夏冰警督撞破,小糊失踪之谜也随之解开。因为虫体移植会出现吞噬反应,进行了虫体植入手术的小糊和小涂只能活一个,面对毕安的要挟,小涂选择自杀来复活小糊,却被小糊抢先一步射杀了自己的身体来保全小涂。。鲁路修本是帝国的王子,在母后遇害后,和失明的妹妹一起被流放到11区(原日本国)作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀,三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区,鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺,朱雀和他们也分散了。
鲁路修和妹妹隐瞒身份,过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国,为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。
此时朱雀也再次出现在他们的生活中,然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶,黑暗与光明,有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。。