上世纪70年代初,与家人音讯全无隔绝多年的劳改犯陆焉识在一次农场转迁途中逃跑回家。这对怀抱芭蕾舞梦想的女儿丹丹带来了巨大压力,她阻止母亲冯婉瑜与父亲的相见。因此夫妻二人近在咫尺却又相隔天涯。文革结束后,陆焉识终于平反回家,但是他却发现女儿早已放弃了芭蕾的梦想成了一名工厂女工,而深爱的妻子因为患病已经不认识自己。深厚的感情、生活的变故,迫使陆焉识做出了对他来说最荒唐却又最合理的人生选择……。谁也不曾想过,七十年前那期神秘的罗斯威尔事件,时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌,即使它就在那里。某天,过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们,希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机,关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德,在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。
而这一路上,层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来,将相继呈现在他们的眼前……。两名美国青年踏上越南之旅,按着一封父辈的信的指引去寻找他们留下的足迹。