公元2030的世界,改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草稚素子正是人类最高科技的结晶:只有大脑是人脑,其余身体部分皆为机械装置,外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里,人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事,更有许多人的大脑也已经电脑化,从而真正实现所谓的“电子化的存在”(并非“信息化的存在”)。从庞大的社会结构直至单独的个人身体,都可方便的通过网络连接,构成了一个无比复杂的信息网络:这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便,但是无论构造成为身体的材料怎样变化,人类毕竟还是拥有人性,因此各种以电脑为契机的犯罪层出不穷。日本的公安九课是一个高出统治阶层的存在,它的职能就是猎捕一切有关于高级电脑类刑事犯罪者。公安九课所面对的罪犯:有时可能是政府中的高官,有时可能是偷换他人大脑的投机分子,更有可能是身边的同伴;每一次的案件,都是对人类存在的再思考,都可能给队内的每一个队员带来沉重的精神压力。。抗战前夕的1936年,我国南疆边陲小城北海,地处北部湾,具有重要的战略位置,北海老城风雨欲来,形势危异,一夜之间,北海老城的中共地下情报站遭到毁灭性的破坏,大部分共产党人被国民党军统特务密杀,只有化名“章鱼”的情报员阵亚福幸免于难。与此同时,日军间谍白鲨完成了重要情报“海鲨一号”,一旦日军得到“海鲨一号”,后果不堪设想。为了查明真相,中共广东南路特委派化名“三掌柜”的情报员刘茂财潜入北海,调查真相,揪出奸细,夺取“海鲨一号”。一时之间,北海老城风云乍起,杀机四伏,险象环生。在这一特殊的战场上,“三掌柜”刘茂财以超人的勇气与智慧,与潜伏在老城内的日本间谍“白鲨”及国民党军统“野狐”、“野狼”生死对决,最终截获重要情报“海鲨一号”,化解重重危机,出色地完成了任务。。1991年,香港黑帮三合会会员刘健明听从老大韩琛的吩咐,加入警察部队成为黑帮卧底,韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年,警察训练学校优秀学员陈永仁被上级要求深入到三合会做卧底,终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年,两人都不负重望,也都身背重压,刘健明渐想成为一个真正的好人,陈永仁则盼着尽快回归警察身份。重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报,锁紧目标人物韩琛,没料情报被刘健明泄出,双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露,引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。。