近未来,人类工业文明高度发达,智能机器人的技术日新月异,并且正逐渐成为社会运转推动时代进步的重要组成部分。可就在某一天,一枚核弹落在旧金山。人类指控智能机器人制造了这场悲剧,于是拉开了和机器人旷日持久的战争。数年之后,美国耗费巨资打造了名为“游牧者”的舰艇,随时随地摧毁人工智能的巢穴。而在当时,只有新亚洲仍有人工智能的据点。特种部队探员约书亚(约翰·大卫·华盛顿 John David Washington 饰)潜入新亚洲,并与监控的对象玛雅(嘉玛·陈 Gemma Chan 饰)结为夫妇。可在一次行动之后,他与知晓他真实身份的玛雅失之交臂。时间又过了五年,约书亚奉命随队迁入新亚洲寻找人工智能的创造者。 可是这一次,他却成为了背叛者……。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽,在与碇元度约定之时,来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻,葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作,还要保护碇真嗣与明日香,以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨,赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案,她能否成功?长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯,为了防止人类“最终的悲剧”,而酝酿了的“人类补完计划”能否实现?尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。。