动画版的故事设定在2020年,讲述了某学校中学一年级的男学生们,集体在废弃工厂建立所谓的“解放区”,并发动了针对大人们的“叛乱”后的故事,借此反映了学生学业过重、学校对学生任意进行体罚等种种社会问题。。在都市内出现了连续女性被杀事件。经警察调察,犯案者是异形怪物,而主角·风祭真因为一直发着相关事件的梦而备受困扰…… 风祭真的父亲是遗传学研究所里的科学家。而真则自愿成为了研制不治之病的实验品,但却被疯狂的科学家·鬼塚实行的现阶段最危险的生化实验·Lv3的遗传因子操作实验而变成了生化战士:真·假面骑士。但鬼塚最大的目的就是要将真供幕后BOSS·“财团”作为军事武器。真最后逃出了『财团』的魔掌,并且与“财团”的超级改造战士·豪岛展开生死战!。