故事根据民间传说“钟馗伏妖”故事改编。
每逢千年便有日食天象,届时更是昆仑山灵力最弱,阴气最盛之时。此时,昆仑山魔井开启,魔能涌出,万妖出动。
妖魔或附身于常人,夜间吸食人类阳气,被侵蚀的人们诡异而凶残;或化为人形捕食人类。恐怖灵异事件不断,你我之间难分人妖,人间如地狱般阴郁恐怖。
终南山进士钟馗不惧邪祟,与师傅一起斩妖除魔,却发现在妖身后,还有更惊人、更令人恐惧、更令他难以抉择的真相在等待着他……。A former CIA agent must use her lethal skills to protect her family from a dangerous criminal from her past who has broken out of prison.。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。