《科学小飞侠》这部动画的原作是吉田龙夫(漫画家出身,后来投入动画制作而成立龙之子制作,已故),由鸟海尽三与陶山智负责企划。本片当初是以与巨大机械战斗的低年龄向动作片为起点,但在导入公害、科学、战争等现实中的严肃题材,与亲情及角色过去的戏剧性,这些非儿童导向的故事都博得好评,因而得以将预定的一年播映期延长,并成为龙之子制作的SF英雄动画类型经典代表作。。开发出新能源的迈尔斯伯爵召开世界杯赛车大奖赛,各路好手纷纷云集,独独缺了活塞杯霸主闪电麦昆。原来他刚好回到温泉镇,与好哥们板牙、女友莎莉享受快乐的假期。由于意大利方程式赛车法拉斯·高的挑衅,当然也有吃醋的原因,麦昆最终同意参加世界杯,并带着板牙等好友一同周游世界。在日本站比赛的前一天,板牙偶然结识了英国特工迈克飞弹和霍莉,他们正在追查一支犯罪团伙的新动向。板牙阴差阳错被霍莉当作美国来的接头特工,由此卷入了麻烦之中。在次日的比赛中,麦昆与法拉斯·高竞争激烈,与此同时不断有选手意外爆缸,板牙则撞见迈克和神秘组织火并的场面。
因这一连串意外,麦昆和板牙的友情受到动摇,而这一切的幕后老板也渐渐露出真实面目……。一名科学家在一趟商务旅程中人间蒸发,令他的老婆及小孩伤心欲绝,然而事过境迁多年之后,已经成年的厄尔(海利乔奥斯蒙饰演)竟接获神秘线索,发现有方法可以把爸爸带回家。。