20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。。林肯县战争或许已正式落幕,但比利小子与帕特·加雷特警长仍有未竟之事——一场终极清算即将来临。比利仍在逃窜,加雷特则誓要将他擒获,生死不论。面对悬赏追捕,比利本可带着一生挚爱杜尔西内娅远走高飞,却因加雷特的背叛选择留守了结恩怨。 与此同时,比利亦敌亦友的宿命之交杰西·埃文斯也在林肯镇寻找人生新义,试图洗涤罪孽。当传奇终章拉开帷幕,比利即便豁出性命也要搏杀到底,只为追寻那迟来太久的正义。。