一段破败的婚姻,让两个尚未成年的好兄弟天各一边。哥哥航一随母亲大迫希美回到位于鹿儿岛的外婆家,弟弟龙之介则和追寻音乐梦想的“废柴”父亲木南健次在福冈居住。兄弟俩有了各自的朋友圈,父母也似乎渐渐安定下来。可是,他们无论如何还是希望重新聚在一起。鹿儿岛开往福冈的新干线“燕”和福冈开往鹿儿岛的“樱”号途中会有一次短暂的交汇,传说这时许下心中愿望的话,奇迹就会降临。晴朗的一天,两兄弟各自带着朋友朝着心中的奇迹之地出发……。《名侦探柯南 Episode "ONE"变小的名侦探》对《名侦探柯南》动画第1集“云霄飞车杀人事件”进行了详细的描述。
工藤新一是全国非常著名的高中生侦探,他与他的青梅竹马毛利兰一起在游乐园游玩的时候遭遇了案件,在解决该案件的过程中,工藤新一发现了两名行动诡异的黑衣男子,便决定跟踪他们一看究竟。但是不幸被黑衣男子发现,黑衣男子将他击晕后,给他灌下了一种名叫“APTX4869”的神秘毒药,在毒药的副作用下,工藤新一变回了小孩!
新一找到了经常帮助他的天才发明家阿笠博士,博士为他打造了不少便捷的道具。而为了防止黑衣男子对他进行报复,新一化名为“江户川柯南”,寄住在了毛利兰家中。。