柯南和小五郎等拉着大队,来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”,及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传,在“海底宫殿”附近潜水时,意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人,不料其中一人突然遭鲨鱼攻击,不幸身亡!小兰和园子幸运逃难,柯南见那位猎人死状诡异,与灰原一起展开调查。
柯南认为猎人之死,跟宝藏传说有着很大的关系,他试图解开背后原因,“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后,猎人却突然现身,并偷走了原来发现的宝藏!小兰和园子落在猎人的魔掌之中,性命危在旦夕!隐藏于传说中的讯息是什么?“海底宫殿”有什么秘密?穿越300年时光的暗号,柯南誓要逐步解开谜题。。中國四川藏區一個叫熊托的小村子,住著一位人們口耳相傳的開水喇嘛。每一天都有無數的人們,從各大藏區跋山而來,跪在他的座前,為了尋求自己生命的答案...他們問著:死去的親人哪去了?疼痛的原因是什麼.....此時,爐灶上的水煮開了,屋外等待的信眾一個個脫下上衣,他們即將得到開水喇嘛的獨到「答案」。。