第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。安政七年(1860年)的三月三日,德川幕府控制下的日本迎来了改变历史的重要事件。在鹅毛大雪漫天飞舞的江户城樱田门外,幕府大老井伊扫头直弼(中村吉右卫门 饰)被18名水户藩浪人刺杀,史称“樱田门外之变”。担任护卫的彦根藩武士志村金吾(中井贵一 饰)自感失职,可却求死不能。因父母代他自杀,故彦根藩命令金吾追杀在逃的五名浪人,将人头祭献在井伊大老的墓前赎罪。在接下来的十三年漫长岁月里,日本内外发生翻天覆地的巨变,明治维新胜利,新政府废藩置县,但这些似乎全与金吾无关,他穿着早已不合时宜的武士装束,执着地追寻那几名浪人武士的下落。殊不知仅存的一人佐桥十兵卫(阿部宽 饰)早已化名直吉,以车夫的身份在城市的最顶层求生。两个悲剧的小人物,终将迎来宿命的重逢……
本片根据浅田次郎的同名短篇小说改编。。